De financiële middelen die het FWO ter beschikking heeft voor het vervullen van zijn taken zijn in de eerste plaats afkomstig van de Vlaamse regering en in tweede instantie van de federale overheid, de Nationale Loterij en het mecenaat. Binnen de beleidslijnen van de politieke overheden, functioneert het FWO wetenschappelijk volledig onafhankelijk bij de selectie en evaluatie van mandaat- en kredietgenieters.

De basistoelage omvat de steun aan individuele mandaten en kredieten, onderzoeksprojecten, intra-, intercommunautaire en internationale samenwerking en een bijdrage voor onderzoek in het raam van humanitaire acties, zoals Levenslijn en Kom op tegen Kanker.

In de toelage is ook een bijdrage begrepen voor de beurzen van het Belgisch Historisch Instituut te Rome, een toelage voor de Bong-Bunge Stichting en een toelage voor het Interuniversitair College voor Managementwetenschappen.

Sinds 2006 zijn ook het Odysseusprogramma voor brain gain en een toelage voor institutioneel-logistieke ondersteuning voor projecten doorgevoerd aan grote internationale onderzoeksfaciliteiten in de basistoelage opgenomen.

Sinds 2007 is ook de ondersteuning van coördinatie-acties van internationale samenwerkingsverbanden in de basistoelage opgenomen en sinds 2008 een steun voor bilaterale onderzoekssamenwerking..

De toelage afkomstig van de winstverdeling van de Nationale Loterij valt sinds 1/1/2002 onder de bevoegdheid van de Vlaamse Gemeenschap en kan besteed worden aan de gewone actiemiddelen van het Fonds.

Het FWO ontvangt toelagen van het Ministerie van Economische zaken en energie ter ondersteuning van onderzoeksprojecten voor de studie van de fundamentele materiewetenschappen in het kader van het geassocieerde fonds Interuniversitair Instituut voor Kernwetenschappen.

Van het Ministerie voor Volksgezondheid komt een toelage voor onderzoeksprojecten ten behoeve van medische onderzoeksprojecten van het geassocieerde Fonds voor Geneeskundig Wetenschappelijk Onderzoek.

De begroting wetenschapsbeleid omvat een toelage voor extra tewerkstelling in de universiteiten voor fundamenteel onderzoek.

De wetenschappelijke werking van het FWO wordt gestimuleerd door verschillende fiscale en parafiscale faciliteiten zoals de defiscalisatie van de postdoctoraal onderzoekers voor 75%, de vrijstelling van het afdragen van de werkgeversbijdrage voor sociale zekerheid voor extra postdoctoraal onderzoekers en een toelage gebaseerd op de rijkssociale zekerheid voor extra tewerkstelling in het fundamenteel onderzoek, het zogenaamde sociale Maribelplan.