De Europese Commissie schrijft periodiek een oproep uit voor nieuwe ERA-NETs rond bepaalde wetenschappelijke domeinen en thema’s. De lijst met aanvaarde voorstellen, die worden ingediend door een groep van geïnteresseerde nationale en regionale onderzoeksfinancierders, worden ongeveer een jaar later gepubliceerd. Dan kan het ERA-NET starten. Het loopt normaal voor vijf jaar. Een ERA-NET kan naast oproepen ook netwerkactiviteiten organiseren, die mee de joint call voorbereiden.
FWO kiest uit de lijsten met door de EC aanvaarde ERA-NETs die netwerken waaraan het wil deelnemen. Het participeert in principe alleen aan joint calls, omdat daar zijn kerntaak ligt. Vanaf 1 januari 2017 zal de raad van bestuur de selectie uitvoeren, zich baserend op de adviezen van:
- een ad hoc panel, indien specifieke experten dienen te worden geconsulteerd;
- de Vlaamse leden van de Expertpanels waartoe de thematiek van het ERA-NET behoort;
- de Vlaamse leden van de Commissie voor Internationale Samenwerking (CIS);
- de diensten voor onderzoekscoördinatie van de hoofdonthaalinstellingen voor FWO-projecten en de Strategische Onderzoekscentra (SOC).
De criteria die de raad van bestuur hanteert voor deelname zijn:
- de relevantie van de oproep voor het Vlaamse wetenschappelijk onderzoek;
- de mate waarin het fundamenteel onderzoek aan bod komt;
- de mate waarin de Europese dimensie een aangewezen en noodzakelijke weg is om de doelstellingen te verwezenlijken;
- aanwezige expertise in Vlaanderen om een kans te maken binnen een Europese oproep;
- de mate van FWO-deelname aan en de succesgraad na oproepen van een ERA-NET in het verleden als één van de nieuwe initiatieven daarvan een voortzetting is (te bepalen aan de hand van de naam, de vermelding daarvan in de beschrijving van het nieuwe netwerk zelf, de scope van het ERA-NET e.d.m.).