Het Koninklijk Besluit van 18/1/1965 (BS 5/2/1965) schiep de mogelijkheid geassocieerde fondsen op te richten voor de ondersteuning van collectief fundamenteel wetenschappelijk onderzoek door onderzoeksprojecten die door onderzoeksploegen worden uitgevoerd. In dit kader werden met drie ministeries overeenkomsten afgesloten:
Interuniversitair Instituut voor Kernwetenschappen (I.I.K.W./I.I.S.N.) via een overeenkomst van 12/4/1965 met het Ministerie voor Economische Zaken en Energie, nu de overeenkomstige FOD. Omwille van historische redenen is dit een fonds met rechtspersoonlijkheid waarvan de eerste statuten werden goedgekeurd bij Koninklijk Besluit van 6/9/1951 (BS 13/9/1951 en BBS 22/9/1951) en wijzigingen zijn o.m. goedgekeurd bij Koninklijk Besluit van 17/5/1972 (BS 6/6/1972 en BBS 20/7/1972).
Op basis van de Wet van 8/8/1988 inzake de Financiering van Gemeenschappen en Gewesten werd 80% van de middelen gecommunautariseerd en werd het Vlaamse aandeel in de basistoelage van het FWO opgenomen.
De huidige statuten van de Stichting van Openbaar Nut zijn goedgekeurd bij Koninklijk Besluit van 14 oktober 2007. Het ondernemingsnummer is 0850.890.334.
Fonds voor Geneeskundig Wetenschappelijke Onderzoek (F.G.W.O.) via een overeenkomst met het Ministerie (nu FOD) Volksgezondheid van 7/11/1969, aangepast in augustus 1971. Dit fonds heeft geen rechtspersoonlijkheid.
Op basis van de wet van 8/8/1988 inzake de financiering van gemeenschappen en gewesten werd 80% van de middelen gecommunautariseerd en werd het Vlaamse aandeel in de basistoelage van het FWO opgenomen.
Ingevolge het arrest van de 21e kamer van het hof van beroep te Brussel, gekend onder rolnummer 2021/AR/683 werd het rechtsgeding tussen FWO/F.R.S.-FNRS en de Belgische Staat afgesloten en dit op basis van de dading afgesloten tussen de partijen. Ingevolge deze dading kwamen partijen overeen dat de onderliggende subsidieovereenkomst van 7 november 1969 m.b.t. het vorderen van de federale toelagen, zal ophouden uitwerking te hebben. Ingevolge dit arrest heeft het FGWO dan ook opgehouden te bestaan.
Fonds voor Kollektief Fundamenteel Onderzoek- initiatief der navorsers (het vroegere F.K.F.O.) via een overeenkomst met het toenmalige Ministerie van Nationale Opvoeding en Cultuur van 8/4/1965, aangepast op 1/1/1971. Dit fonds richtte zich op onderzoek dat niet door het F.G.W.O. en het I.I.K.W. werd bestreken. Dit fonds had geen rechtspersoonlijkheid. Daar onderwijs gecommunautariseerd werd, behoort deze toelage op basis van de wet 1988 volledig tot de bevoegdheid van de Vlaamse Gemeenschap. Het Vlaamse aandeel van de betrokken toelage werd bij de basistoelage van het FWO gevoegd waarin het F.K.F.O. opging.
Sinds 1/1/1997 werden de specifieke wetenschappelijke commissies, van deze geassocieerde fondsen geïntegreerd in het geheel van de wetenschappelijke commissies van het FWO. Tevens worden de beslissingen inzake specifieke toekenningen en afwijzingen genomen door de bestuursorganen van het FWO, maar ter bekrachtiging voorgelegd aan de bestuursorganen van de geassocieerde fondsen.
Aldus worden samenhangende beslissingen genomen en versterken de acties van de verschillende overheden elkaar om een groter coherent effect te bekomen.