De joint calls van de JPI's verlopen in vele opzichten hetzelfde als voor ERA-NET. Consortia van onderzoekers uit de deelnemende landen kunnen op de oproep reageren met een gezamenlijke onderzoeksaanvraag. Onderzoeksconsortia van JPI's hebben doorgaans een looptijd van drie jaar.
Het FWO ondersteunt de JPI-calls enkel met top-ups a rato van 10.000 euro per jaar en voor een maximum periode van drie jaar (in totaal dus ten belope van 30.000 euro) voor lopende FWO-projecten die kunnen geïntegreerd worden in een onderzoeksconsortium.
Daarnaast ondersteunt het ERA-NETs die specifiek tot stand zijn gekomen voor de organisatie van joint calls van JPIs. Daarvoor geldt dezelfde procedure als voor de andere ERA-netwerken.